Un streptocoque découvert dans la dent d'une momie bolivienne change l'histoire de la scarlatine
D'une découverte précolombienne vient la preuve que Streptococcus pyogenes circulait déjà dans les Amériques des siècles avant l'arrivée des colons européens.
Pendant des années, la scène a semblé assez simple : certaines infections allaient arriver aux Amériques en même temps que les Européens. Puis une dent, conservée pendant des siècles dans un musée de La Paz, a suffi à tout remettre en question. À partir de cette découverte, qui appartenait à un jeune homme ayant vécu sur l'Altiplano bolivien entre 1283 et 1383, un groupe de chercheurs a reconstitué un génome ancien presque complet de Streptocoque pyogènela bactérie que nous associons désormais à la pharyngite, aux infections invasives et, dans certaines souches, même à la scarlatine. La découverte repousse de plusieurs siècles sa présence documentée dans les Amériques.
La découverte provient du MUNARQ, le Musée national d'archéologie de La Paz. L'individu analysé avait une ascendance amérindienne, confirmée par l'ADN mitochondrial, et la préservation des restes a été favorisée par le climat froid et sec de l'Altiplano. Ce sont des détails qui comptent, car ils expliquent comment il a été possible de récupérer du matériel génétique suffisamment intact pour permettre une reconstruction aussi précise.
L'ancien génome de Streptococcus pyogenes
L'étude, publiée le Communications naturellesétait basé sur un séquençage métagénomique par fusil de chasse et sur une technique appelée assemblage de novo, qui recompose un génome à partir de nombreux petits fragments d'ADN sans utiliser de carte moderne toute faite. Il s’agit d’une étape importante, car elle réduit le risque de forcer des données anciennes à adopter des modèles construits sur le présent. De ce travail est née une souche ancienne proche des lignes contemporaines de S. pyogènes principalement liée à une pharyngite.
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Ici, cependant, il faut faire preuve de prudence, ce que le titre facile a tendance à négliger. Dire que cette découverte « réécrit l’histoire de la scarlatine » fonctionne bien, mais l’article apporte une nuance plus précise. Les auteurs expliquent que l'ancien génome préserve les gènes centraux de virulence, tandis que les prophages reconstruits incluent des exotoxines pyrogènes streptococciques. Le CDC nous rappelle que la scarlatine est causée par des souches de Streptocoque pyogène producteurs d’exotoxines pyrogènes. La partie vraiment solide concerne donc la présence précolombienne de la bactérie dans les Amériques. Le lien direct avec un cas ancien de scarlatine reste plus étroit, plus prudent, plus technique.
Cela n’enlève rien au poids de la découverte. Cela change de ton, ce qui est une autre chose. La momie bolivienne ne donne pas le diagnostic clinique de ce jeune homme et ne dit pas de quoi il est mort. Cependant, il fournit des preuves génétiques très solides : S. pyogènes il circulait parmi les populations indigènes d'Amérique du Sud avant le contact européen. À ce stade, l’idée d’une simple « importation » après 1492 se rétrécit considérablement.
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La valeur de la découverte réside aussi dans le présent
En fait, la bactérie reste tout sauf un nom poussiéreux de manuel. L'OMS le considère comme un agent pathogène important à l'échelle mondiale, tandis que l'agence européenne de l'Organisation mondiale de la santé avait déjà signalé une augmentation des infections invasives à streptocoque du groupe A en 2022 et, dans certains pays, également des cas de scarlatine, notamment chez les enfants. Aux États-Unis, le CDC continue de surveiller les formes cliniques les plus pertinentes liées au S. pyogènes. Regarder en arrière de cette façon permet donc également de mieux comprendre un problème qui continue d’évoluer dans le présent.
L’étude ajoute également un élément évolutif intéressant. Les analyses phylogénétiques placent la lignée bolivienne à la base de la diversité moderne des Streptocoque pyogènetandis que les reconstructions temporelles indiquent que la plupart des lignées modernes ont divergé à l'échelle mondiale au cours des 5 500 dernières années environ. Les auteurs associent cette expansion à des communautés humaines de plus en plus sédentaires et denses, où des contacts étroits ont offert au pathogène un terrain favorable pour se propager et se diversifier.
Il y a aussi un élément qui rend cette histoire encore plus intéressante. Les chercheurs ne recherchaient pas spécifiquement cette bactérie. Ils analysaient à l’œil ouvert le matériel génétique présent dans les restes, et de là sont issues l’une des données les plus claires de ces dernières années sur l’histoire ancienne de ce micro-organisme. Parfois, la recherche fonctionne ainsi : elle n’ouvre pas une porte, elle déplace simplement une tuile. Sauf que cette tuile change tout le design.
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Source : Nature
